Alla seconda fase, di poco successiva all'abbattimento dell'edificio S3, appartengono due altre strutture poggianti in parte sulla roccia in posto: un filare di lastre (S5), posate di coltello lungo l'odierno muro Est del vano S e in parte successivamente reimpiegate alla sua base; un basso muro con direzione Ovest-Est (S12), ad andamento leggermente curvilineo, sottostante all'odierno muro Nord del vano S, del quale S12 costituisce apparentemente un parziale basamento in risalto verso Sud. L’attenzione dei frequentatori di questa parte della rocca di Breno pare focalizzarsi in questa fase verso Nord-Est, in direzione di un’area immediatamente esterna al futuro vano S, dove in seguito troverà posto la cisterna per l’acqua ancora oggi esistente. È possibile che S5 e S12 fossero strutture destinate a contribuire a convogliare l’acqua piovana verso tale area, sfruttando l’inclinazione della roccia in posto: a suggerire tale interpretazione vi sono anche un ampio solco a U scavato in direzione Sud-Nord entro i sedimenti e un condotto (S27) che attraversa ortogonalmente la base del rudere S3 e che potrebbe essere stato realizzato per consentire all’acqua piovana intrappolata nel perimetro di quest'ultimo di defluire verso Nord-Est.
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