Nel vano S si conservano tracce di numerosi eventi.
Una prima fase edilizia è materializzata dal basamento, spesso da 65 a 90 cm, di un grande muro a L, spesso da 60 a 65 cm, del quale rimangono pochi tratti. Fondata direttamente sulla roccia in posto e costituita da grossi conci calcarei legati da malta molto resistente, la struttura (S3) era parte di un edificio a pianta rettangolare, che si doveva estendere a Ovest e a Sud degli attuali limiti del vano S e occupare perciò una superficie maggiore di 11 x 5 m².
Al momento dell'erezione di tale edificio, la sommità della rocca doveva essere nuda o ricoperta da un velo di sedimento (S9), inglobante materiali preistorici di varie epoche più volte rimaneggiati, che colmava gli interstizi rocciosi più profondi, ma solo nel settore Nord-Est, in corrispondenza di un gradino di roccia più alto degli altri, raggiungeva un certa potenza. Non si può escludere che, per la fondazione di S3, la roccia affiorante sia stata sgomberata dal terreno che la ricopriva, ma la natura dei materiali preistorici contenuti in S9 indica piuttosto che il sedime di S3 era un’area di ruscellamento e rideposizione di materiali provenienti da altrove.
I caratteri tecnici distintivi di S3 – conci di grandi dimensioni, buona qualità della malta, spesso letto di malta preparatorio alla base, spessore complessivo – suggeriscono che l’edificio fosse una delle prime dimore signorili costruite sulla rocca di Breno a partire dal XII secolo. Tra i materiali databili tra l’XI e il XIV secolo si segnalano diversi frammenti di recipienti in pietra ollare di tipi arcaici, una fusaiola in pietra ollare di recupero, un proiettile per fionda, una lama di coltello in acciaio e, fra le ceramiche, un bordo di piccola olla a parete sottile grigia e una parete grezza con solco.
Dopo un certo tempo che non si può quantificare, l’edificio è stato abbattuto e la maggior parte dei materiali lapidei derivanti dall'abbattimento è stata asportata e reimpiegata altrove. L’area è probabilmente rimasta abbandonata. I ruderi di S3 hanno però continuato a ergersi sulla roccia più che non attualmente: il loro stato attuale è il risultato di uno spianamento avvenuto a notevole distanza di tempo dall'abbattimento, probabilmente in connessione con l’erezione di un edificio successivo, del quale sopravvive l'attuale muro Est del vano S.